הורתו של בית דין חברים כמו גם מהותו ומיהותו נקבעו בסעיפים 49-55 לתקנון ארגון המורים. בסעיף 49 הוגדר בית דין חברים כך: "בית דין חברים הוא מוסד לשיפוט פנימי בענייני הארגון ואשר מורכב מנציגי הסניפים". סמכותו העניינית של בית הדין נקבעה בסעיף 53 לתקנון שזה לשונו: "בית הדין דיון בכל סוגיה שתובא בפניו ואשר עניינה סכסוך או מחלוקת בין הארגון ו/או בעלי תפקידים בו ו/או מוסד ממוסדותיו ו/או חבר מחברי הארגון לרבות סכסוכים או מחלוקות בין חברים הארגון. לא היה נושא הסכסוך או המחלוקת קשור לארגון, למוסדותיו, לפעילות בארגון או לחברות בו - לא ידון בית הדין בעניין. על החשיבות שבמתן תוקף למנגנון יישוב סכסוכים פנימי עמד בית הדין לעבודה כשציין בפסיקתו כי חשיבות רבה נודעת לאוטונומיה של השותפים ליחסי עבודה. על פי השיטה במשפט העבודה הישראלי, הותיר המחוקק לצדדים ליחסי העבודה הקיבוציים, במסגרת האוטונומיה שלהם, את הכוח והסמכות לקבוע את תוכנו של הסכם קיבוצי. מקום בו במסגרת הסכם קיבוצי מוקם מנגנון מיוחד להכרעה בסכסוכים בין המעסיק לבין עובדיו, תחת בירור הסכסוך בבית הדין, יש להתחשב, ככל האפשר, ברצון הצדדים. עקרון זה תקף גם לגבי הסכמות של השותפים ליחסי עבודה בעניין ועדות פריטטיות והעברת סכסוכים להליך בוררות או לגישור. כך, במקום עבודה מאורגן, כאשר ארגון העובדים מהווה כוח מאזן לכוחו של המעסיק, יש לכבד את רצונם של הצדדים, שהנו פרי של משא ומתן ביניהם, ליישב סכסוכים בדרכים אלטרנטיביות. משהוקם במקום עבודה מאורגן מנגנון ליישוב סכסוכים, לרבות הליך בוררות, חזקה כי שני הצדדים דאגו לתקינות ולהגינות של המנגנון, שכן הדעת נותנת ששני הצדדים חפצים במנגנון ניטרלי אשר יכריע בסכסוכים באופן ענייני, נכון, יעיל והוגן. בית דין חברים