בית הדין לענייני מים הוא בית דין מינהלי, הפועל לצד בתי דין וטריבונלים מינהליים רבים אחרים, אשר הוקמו בישראל במשך השנים על רקע התרחבות התפקידים המוטלים על המינהל הציבורי במדינה מודרנית. בין הטעמים המרכזיים להקמתם של בתי הדין המינהליים נהוג להצביע על הצורך בפתרון המחלוקות הרבות המתעוררות בין האזרח לרשות; הצורך בהתמחות משפטית של בית הדין בתחום ספציפי; הצורך במומחיות בתחום המקצועי בו עוסק בית הדין. הצורך בגמישות בהפעלת הדינים; עריכת דיון יעיל ומהיר; והפחתת עלויות הדיון. הצורך במומחיות מוגשם באמצעות שילוב מומחים במותב בית הדין, ואילו היעילות מושגת על-ידי שחרור בית הדין, במידה זו או אחרת, מן הכבלים של סדרי הדין והראיות הנוהגים בבתי המשפט. ככלל, מתכונת הדיון בבתי הדין המינהליים דומה להתדיינות בבית המשפט, אך כללי הדיון בהם מתאפיינים בגמישות והם רשמיים פחות. תחת הכותרת "בתי דין מינהליים" ניתן למצוא סוגים שונים של טריבונלים, אך בית הדין המינהלי הטיפוסי הינו ערכאה שהוקמה על-ידי המחוקק במיוחד על מנת לדון בסוג מסוים של עניינים באופן יעיל ומהיר תוך הפעלת מומחיות מיוחדת. בכל הנוגע למהלך הדיון קובעות תקנות המים כי בית הדין רשאי ליתן החלטתו על יסוד החומר שבכתב שהובא לפניו וזאת ככל שבעלי הדין ויתרו על השמעת טענותיהם לפני בית הדין (תקנה 14 לתקנות המים). אם לא ויתרו בעלי הדין על השמעת טענות או אם אב בית הדין החליט להזמינם, יוזמנו בעלי הדין לטעון בפניו (תקנה 15 לתקנות המים). במהלך הדיון קיימת אפשרות לערוך חקירה שכנגד של המצהירים (תקנה 16 לתקנות המים), והוראה זו משתלבת עם הוראות דומות בחוק בתי דין מינהליים, הקובעות כי בעל דין זכאי להרצות טענותיו על-פה בפני בית הדין ולהציג את ראיותיו ובית הדין רשאי, ביוזמתו או לבקשת בעל דין, להזמין אדם לבוא ולהעיד או להציג מסמכים שברשותו, ואף לכפות את התייצבותו (ראו סעיפים 26 ו-28 לחוק בתי דין מינהליים). ועדת החקירה הממלכתית שמונתה לבדיקת נושא ניהול משק המים בישראל, עמדה אף היא על כך שהקמתו של בית הדין נועדה, בין היתר, על מנת ששופט או שופטים מסוימים ירכשו לעצמם ניסיון, ידע ומיומנות מיוחדת לטיפול בענייני מים וייעזרו לשם כך בנציגי ציבור המכירים את משק המים כחקלאים או כאנשי מקצוע בתחום, וכן על מנת להביא לאחידות בפסיקה בנושא מים. בית הדין לענייני מיםחוק המים / רשות המיםמים