מהו בית דין לגיור ? בתי הדין המיוחדים לגיור הוקמו בעקבות המלצות הוועדה לגיבוש רעיונות והצעות לעניין סוגיית הגיור בישראל, בראשותו של יעקב נאמן. המלצות אלו כללו הקמת מערך גיור ממשלתי ממלכתי, לרבות מכון ללימודי יהדות ובתי דין מיוחדים לגיור. הלכה למעשה, סידרה של החלטות ממשלה בשנים האחרונות הביאה ליישום עיקרי המלצות ועדת נאמן. כך, הוחלט על הקמת מערך גיור ממשלתי-ממלכתי במשרד ראש הממשלה; נקבע שראש מערך הגיור ימונה על ידי הרב הראשי לישראל. ראש מערך הגיור הוסמך לחתום על תעודות גיור. בפועל, ראש מערך הגיור חתם על מאות תעודות המרה. המלצות ועדת נאמן אומצו בהחלטות הממשלה והכנסת (בשנת 1998). הן לא עוגנו בחקיקה. במצב עניינים זה, מעמדם של בתי הדין המיוחדים לגיור נגזר מכוח סמכותה הכללית של הממשלה. בית המשפט ציין בפסיקתו כי הממשלה מוסמכת להקים, מכוח סמכותה הכללית (השיורית) הקבועה בסעיף 32 לחוק יסוד: הממשלה, מערך גיור בדומה לזה שהוקם בעקבות המלצותיה של ועדת נאמן, יחד עם זאת, סמכות זו לא מקנה לבית הדין כוח של כפייה. רצונם של הפונים לבית הדין, ונכונותם להיות כפופים להוראותיו, הם שמבססים את כוחו. בית הדין מהווה חלק מרשויות המינהל. ככל גוף אחר שהוקם מכוח סמכות מינהלית על פי דין, הקמתו וקביעת האנשים אשר יופנו אליו כפופות לכללי המשפט המינהלי. ההחלטה באשר למי שרשאי לפנות לבית הדין צריכה להתקבל בהגינות ובסבירות תוך שקילת שיקולים ענייניים בלבד. מדיניות בית הדין, הקובעת תנאי סף לכניסה לשעריו, הינה בגדר הנחיה פנימית של בית הדין. כרשויות מינהל אחרות על בית הדין לפעול, בכל הנוגע לקביעת האנשים שיבואו בשעריו, על פי הנחיות פנימיות קבועות וידועות; ועם זאת, חובתו להפעיל שקול דעת ממקרה למקרה, ולהכיר באפשרות של חריגים להנחיה הקבועה. אכן, הנחיות פנימיות כאלו - מעצם טבען - גמישות הן. ניתן, ולעיתים אף חובה, לסטות מהן. שיקול הומניטארי עשוי להוות, למשל, שיקול ענייני לסטייה ממדיניות המודרכת על ידי הנחיות פנימיות. מדיניות בית הדין היא לקבל להליכי גיור, בין השאר, רק מי אשר שוהה בישראל כדין. בית המשפט ציין בפסיקתו כי בית דין לגיור רשאי לשקול את שיקולי השהייה בארץ כדין. גיור